Menettelyvirhe aiheutuu yleensä siitä, että viranomainen ei noudata hallintoasian käsittelyä varten säädettyjä menettelysäännöksiä, päätöksenteossa vaadittavaa muotoa tai yleensä toimintatapaa koskevia vaatimuksia. Tavallisia menettelyvirheitä viranomaisen toiminnassa ovat esimerkiksi kuulemisperiaatteen noudattamatta jättäminen eli asianosaisen kuulemisen laiminlyöminen asiaa ratkaistaessa, viranomaisen esteellisyys tai muu menettelyn osalta laiminlyöty seikka. Menettelyvirhe aiheuttaa tavallisesti sen, että päätös kumotaan tai mitätöidään.